ООО "Межрегионфлот" является управляющей компанией АО «Обь-Иртышское речное пароходство», ОАО "Иртышское пароходство" и ряда дочерних предприятий (речные порты в Тюмени, Нефтеюганске, Уренгое, Салехарде, судоремонтные заводы в Тюмени и Тобольске), расположенных в Уральском федеральном округе и Архангельске. Основным видом деятельности компаний является транспортировка грузов теплоходами АО "Обь-Иртышское речное пароходство". АО «Обь-Иртышское речное пароходство» — одно из крупнейших предприятий водного транспорта в регионах Западной и Восточной Сибири и единственное в Уральском Федеральном округе, осуществляет перевозки грузов, пассажиров и поставку строительных материалов для предприятий ЯНАО, ХМАО, юга Тюменской области, Крайнего Севера и Каспийского бассейна. Другим направлением деятельности является добыча и переработка горной породы и производство строительного щебня.